所有脊椎动物，包括鱼的消化道是众所周知的港口，大规模，多样化和动态采集的微生物的复杂的微生物生态系统。在性生活过程中，这些肠道微生物成为宿主动物亲密主机微生物协会和维持正常的肠道功能，生理和健康主机的关键作用的一个组成部分。

大量研究表明，鱼类肠道菌是由未在环境中检测到专门的微生物群落的殖民统治。不同的关系已经发现主机饮食，营养水平，消化道和肠道菌群组成的解剖结构之间。
在印度主要鲤科鱼类（喀拉鲃，南亚野鲮和印度鲮），迄今为止，很少有需氧和兼性厌氧菌的文化基础的鉴定已经进行了，无论是基于生物化学特性或列举殖民地16S rRNA基因序列分析。分离和基因从印度主要鲤鱼识别出的微生物属于属枸橼酸属，肠杆菌SP。和芽孢杆菌SP。的门类变形菌和厚壁菌门。一些分离的微生物的被证明是外源性消化酶的主机一个不同的源，显然辅助消化过程。

除此之外，存在于1个没有适当的信息）宿主特异性微生物种群的存在;2）源或肠道微生物菌群的起点;3）驻地（原地）和瞬态（外来）的微生物群;和4）共生宿主微生物协会和功能性的贡献的存在。

因此，在下面的研究中，我们采用既细菌计数和培养独立DNA指纹（PCR-DGGE）的方法来检查与他们的独特生态位的占用主机特异性肠道菌群的存在。此外，我们在查看源/原点（从水，沉积物和饮食）和细菌在印度主要鲤鱼的消化道定植能力（居民瞬态形式）。