摘要提出了一种新的、改进的肠胞动物肝小对虾(EHP)的PCR检测方法
Itsathitphaisarn, O., Jaroenlak, P., Sanguanrut, P., Salachan, P. v ., Wiredu-Boakye, D., Williams, B.A.P., Stantiford, g.d., Flegel, T.W.和Sritunyalucksana, K. | 2016年7月3日健康,虾
引起的肝胰腺微孢子(HPM)Enterocytozoon hepatopenaei是亚洲养殖对虾的一种新兴病害。目前的证据表明,它可能与严重的生长迟缓有关,但在培养第二个月之前可能并不明显,而且在非常严重的感染情况下,它甚至可能导致持续的低死亡率。据估计,目前HPM在亚洲每年的生产损失在数千万到数亿美元之间。传至养虾池的病媒可能来自储存鱼塘的虾仔(PL),或来自水和沉积物中的活载体或孢子等环境来源。受感染的虾一旦传播到池塘,就会将感染水平传播给其他未受感染的虾。受感染的孵化后幼虫通常是由飞天扫帚传播的EHP引起的,特别是在非生物设施中,由第一代SPF储存的PL提高到第二代飞天扫帚的情况下。此外,不含EHP的SPF broodstock可能被多毛类和软体动物等活饲料污染。
为了帮助控制broodstock和PL的感染,基于EHP (SSU-PCR)小亚基核糖体RNA (SSU-rRNA)基因编码的PCR方法被开发出来,用于检测broodstock和PL及其活性饲料是否感染EHP。然而,随后了解到SSU-PCR方法与相关微孢子虫的SSU-rRNA基因序列发生交叉反应(见下文),使其仅用于检测养殖虾,而不适用于检测环境样本。因此,需要一种更具体的PCR检测方法,并详细介绍其发展。由于阻止HPM损失的紧迫性,我们决定将此方法免费、非商业地提供给全球虾场。我们相信,新方法的任何延迟发布都将给虾农带来相应的损失,这应该是最重要的问题。我们希望通过立即发布新方法,能够更快地识别EHP的环境宿主,并更快地制定控制措施来阻止传播。该行业获得的好处将远远超过出售知识产权带来的好处。
本文提出了一种新的检测方法大肠hepatopenaei具有优异的特异性的第一代SSU-PCR在2009年开发了当EHP的遗传信息仍是有限的。从用户,特别是那些在虾饲料工业的反馈,表示第1生成方法可能会产生假阳性结果为EHP与虾饲料和/或进食饲料虾粪便。随着亲鱼粪便,有一种危险,即亲鱼可视为感染EHP并丢弃,或者说积极的饲料或饲料成分可以由用户拒绝,即使在饲料中的任何微孢子虫可能已经饲料加工过程中死亡。在我们的实验室序列比较研究发现,假阳性结果可能导致的SSU-rRNA的引物与目标DNA与其他微孢子如Hepatospora河蟹和Enterospora canceri能感染蟹编码SSU-rRNA的交叉反应性是两个最进化,基于现有的序列密切相关的EHP。随后的实验室测试证实,这种交叉反应可能发生。因此,我们实施了一个EHP基因组计划,以确定可能被用来发展,提高了第一代SSU-PCR方法的特异性一个新的PCR诊断方法EHP-特定基因。
本文提出的第二代EHP检测方法是基于EHP (SWP- pcr)孢子壁蛋白(spore wall protein, SWP)的基因编码。我们的实验室工作结果显示,与SSU-PCR相比,SWP-PCR方法没有与感染的螃蟹DNA发生交叉反应h . eriocheir和E. canceri。此外,SWP-PCR方法比提取出ehp感染虾总DNA的SSU-PCR方法具有更高的敏感性。更多细节请参见Jaroenlak等人即将发表的文章(正在准备中)。
从这些结果,我们建议新的SWP-PCR方法取代第一代SSU-PCR方法。然而,这并不意味着,如果他们已经从养殖虾获得,因为没有数据表明,他们开发造成比其他EHP HP microsporidians感染之前由SSU-PCR方法得到的结果是无效的。然而,先前已经给出了使用环境样品,例如水,饲料,沉积物,疑似载体等为EHP阳性结果测试应该使用SWP-PCR法重新确认。
引物为SWP-PCR法(巢式PCR)的序列在下面给出,并且可以用于非商业应用于检测EHP自由使用。请接触Centex的虾(“在” mahidol.ac.th ornchuma.its),以获得一个免费的阳性对照质粒(的pGEM-EHPSWP)。类似于其他的巢式PCR的方法用于诊断病原体的虾,第一次PCR后的514-bp的扩增子的存在表明了沉重的感染,而仅小存在148-bp的扩增子嵌套表示光感染。我们建议,约100 ng总虾DNA的在每个测定中使用。
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